โรงเรียนแม่สายประสิทธิ์ศาสตร์ เป็นโรงเรียนมัธยมประจำอำเภอแม่สาย จังหวัดเชียงราย สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 36 (เชียงราย – พะเยา) เริ่มเปิดทำการสอน เมื่อวันที่  19  พฤษภาคม 2512  โดยเริ่มแรกเปิดเป็นสาขาของโรงเรียนแม่จันวิทยาคม  อำเภอแม่จัน  ทั้งได้ความร่วมมือ ร่วมใจ จากประชาชนในท้องถิ่น โดยการสนับสนุนของ นายบรรจง  ชูสกุลชาติ และนายธวัช สมสมาน นายอำเภอแม่สาย (ในขณะนั้น) ได้ชักชวนให้ประชาชนบริจาคเงิน จำนวน 53,198  บาท  เพื่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราว และจัดหาวัสดุครุภัณฑ์เพื่อใช้ประกอบการเรียนการสอน โดยทางอำเภอแม่สาย ได้อนุญาตให้ใช้ที่ดินอันเป็นกรรมสิทธิ์ของกรมการปกครอง ประมาณ 45 ไร่ ซึ่งได้รับความร่วมมือจากบริษัทหินสยามช่วยปรับปรุงบริเวณให้
          ในปีการศึกษา 2513 ทางกรมวิสามัญ (เดิม) ได้แต่งตั้ง นางอุไรวรรณ  วรพงษ์  ให้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และทางโรงเรียนได้เปิดดำเนินการของตนเองโดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียนแม่สายประสิทธิ์ศาสตร์” และเริ่มได้รับการสนับสนุนทางด้านงบประมาณจากกรมสามัญศึกษา โดยก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 212 และบ้านพักครู
          ในปีการศึกษา 2514  โรงเรียนได้รับการพิจารณาให้เข้าอยู่ในโครงการปรับปรุงโรงเรียนมัธยมในชนบท (คม.ช.) รุ่นที่ 8  โดยได้รับความช่วยเหลือจาก กรมสามัญศึกษา และในปีนี้ได้รับงบประมาณ ก่อสร้างโรงฝึกงานอุตสาหกรรมศิลป์  และบ้านพักครูเพิ่มขึ้น
          ในปีการศึกษา 2517  กรมสามัญศึกษาได้มีคำสั่งยุบโรงเรียนแม่สาย (ประถมปลาย) สังกัดกองการประถมศึกษา มารวมเข้ากับโรงเรียน โดยโอนอัตรากำลังครู – อาจารย์ นักเรียน ภารโรง และอาคารสถานที่ทั้งหมดเป็นของโรงเรียน ทำให้มีอาคาร เรียน จำนวนครู – อาจารย์เพิ่มมากขึ้น  สำหรับนักเรียนชั้นประถมปลายที่ยังเหลืออยู่นั้น ได้ใช้ชื่อโรงเรียนบ้านสันโค้งเชียงรายจรูญราษฎร์ และหมดไป ในปีการศึกษา 2518
          ปีการศึกษา 2519 โรงเรียนแม่สายประสิทธิ์ศาสตร์ มีจำนวนห้องเรียน  15 ห้อง  โดยจัดแบบ 654 มีครู – อาจารย์ 37 คน แต่ปฏิบัติงานจริง 34 คน  ช่วยราชการที่อื่น 3 คน  มีนักการภารโรง 5 คน นักเรียน 509 คน มีเนื้อที่รวม 2 แห่ง ประมาณ  80 ไร่  มีอาคารเรียนแบบ 212.004,003 อย่างละ 1 หลัง อาคารโรงฝึก งานอุตสาหกรรมศิลป์  คหกรรมศิลป์  อย่างละ  1 หลัง บ้านพักครู  12  หลัง บ้านพักนักการภารโรง  2  หลัง ห้องนำ ห้องส้วม 4 หลัง อาคารชั่วคราว 2 หลัง คือ โรงอาหาร กับอาคารเกษตรกรรม
          ปีการศึกษา 2522  โรงเรียนได้รับพระราชทานรางวัล ในฐานะที่เป็น โรงเรียนมัธยมศึกษาดีเด่น  ในเขตการศึกษา 8
          ปีการศึกษา 2525  โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดสอน ในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย